Pieter-Jan Belder studeerde klavecimbel en blokfluit aan de conservatoria van Amsterdam en Den Haag. In 1990 behaalde hij voor beide instrumenten het diploma Uitvoerend Musicus. Sindsdien treedt hij veelvuldig op in binnen- en buitenland als klavecinist, fortepianist, continuospeler en blokfluitist. Hij trad op in Internationale Festivals voor oude muziek zoals in Berlijn, Leipzig Barcelona,Vlaanderen, Potsdam-Sans Souci, Nizhny Novgorod en Utrecht. Voor de Nederlandse omroepen maakte hij vele radio-en tele­vi­sieopna­mes, als solist en als medewerker bij het Radio Kamerorkest o.l.v. onder andere Frans Brüggen, Ton Koopman, Philippe Herreweghe, Kenneth Montgomery en Roy Goodman. Daar­naast is hij als continuospeler actief in diverse ensem­bles, waaronder de Nederlandse Bachvereniging, Collegium Vocale Gent, Het Koninklijk Concertgebouw Orkest, het Gesualdo Consort, Camarata Trajectina, Het Orkest van de 18e Eeuw en zijn eigen ensemble Musica Amphion. Verder begeleidde hij solisten als Johannette Zomer, Rémy Baudet, Nico van der Meel, Sigiswald Kuyken, Harry van der Kamp, Wilbert Hazelzet, Kate Clark, Ralph Meulenbroeks en Saskia Coolen.

In 1997 was Belder prijswinnaar van de NDR-Musikpreis 1997 te Hamburg en in 2000 werd hij winnaar van het Internationale Bachwettbewerb Leipzig.

Belder maakte meer dan 100 cd's, vooral solo- en kamermuziek producties.

Sinds 2005 is hij als dirigent van het eerder genoemde Musica Amphion regelmatig te gast in het Concertgebouw te Amsterdam.