Markus Hinterhäuser (geboren in 1958) werd geboren in La Spezia, Italië. Hij studeerde piano aan het Weens conservatorium en aan het Mozarteum in Salzburg, en volgde masterclasses van Elisabeth Leonskaja en Oleg Maisenberg.

Hinterhäuser speelde in grote zalen als Carnegie Hall in New York, de Musikverein in Wenen en La Scala in Milaan. Tot de festivals waar hij optrad behoren het Parijse Festival d’Automne, de Schubertiade in Hohenems, Wien Modern, het Lucerne Festival en het Holland Festival (2003).

Als liedbegeleider werkte Hinterhäuser voornamelijk met de mezzosopraan Brigitte Fassbaender. De laatste jaren heeft hij zich geconcentreerd op hedendaagse muziek, vooral op het werk van Luigi Nono, Karlheinz Stockhausen, Morton Feldman en György Ligeti. Hinterhäuser werkte mee aan een aantal radio- en televisieopnamen en legde
op cd de piano-oeuvres van Schönberg, Berg en Webern vast, evenals composities van
onder meer Feldman, Nono, Scelsi, Oestvolskaja en Cage.

Onlangs werkte Hinterhäuser in diverse muziektheaterproducties samen met Christoph Marthaler, Johan Simons en Klaus Michael Grüber. Met Tomas Zierhofer-Kin richtte hij Zeitfluss op, een serie die tussen 1993 en 2001 deel uitmaakte van de Salzburger Festspiele.
Markus Hinterhäuser was eveneens artistiek leider van het project
Zeit-Zone in de Wiener Festwochen. Deze activiteiten bezorgden hem een
internationale reputatie in het kunstmanagement. In 2011 en 2012 was Hinterhäuser artistiek directeur van de Osterfestspiele Salzburg. Momenteel is hij algemeen directeur van de Wiener Festwochen, en vanaf 2017 zal hij intendant zijn van de Salzburger Festspiele.